Toma se trouve dans le nord-ouest du pays, entre Koudougou et Tougan, en pays Samo, dans la province du Nayala. Ki et Zerbo sont deux patronymes distincts. Pour l'administration coloniale, Joseph était né Ki. C'est son père (généralement considéré comme le premier chrétien de Haute-Volta), alors que Joseph était étudiant, qui est intervenu pour que les deux patronymes (expression de l'alliance des familles Ki et Zerbo) soient accolés. "Il faut redresser cela, lui dira-t-il, parce que Ki n 'est pas notre nom en entier. Nous nous appelons Ki-Zerbo ; il n'y a qu'à écouter les griots quand ils appellent notre famille".
Après avoir passé son baccalauréat à Bamako, Joseph Ki-Zerbo suit des études d'histoire à Paris. Il soutient sa thèse de doctorat à l'Institut d'études politiques de l'Université de Paris. Ki-Zerbo devient professeur des Universités. Il est l'un des plus grands penseurs de l'Afrique contemporaine. Il enseigne à Orléans, à Paris puis à Dakar en 1957.
Joseph Ki-Zerbo va renouveler avec le sénégalais Cheikh Anta Diop les études sur l'histoire de l'Afrique. Ce mouvement a pour but de redonner aux Africains un petit contrôle sur la définition de leur passé. De 1975 à 1995, Joseph Ki-Zerbo préside l'Association des historiens africains.
C'est lors de son installation à Dakar en 1957 qu'il commence la politique en créant le Mouvement de libération nationale(MLN).
Condamné par un tribunal populaire révolutionnaire, il est contraint à l'exil. Il rentre au Burkina en 1992. Joseph Ki-Zerbo est fondateur en 1993 du Parti pour la démocratie et le progrès (PDP, membre de l'Internationale socialiste), parti d'opposition au Congrès pour la démocratie et le progrès (CDP) du président Blaise Compaoré. Le congrès constitutif du PDP a lieu en avril 1994 et Ki-Zerbo en devient président.
En 1997 reçoit le Right Livelihood Award, plus communément appelé en France le Prix Nobel alternatif.
En 1998 il est membre fondateur du Collectif des organisations Démocratiques de Masse et de Partis Politiques[1] (CODMPP). Ce collectif a été crée le 16 décembre 1998 suite à l'assassinat du journaliste d'investigation Norbert Zongo alias Henri Sébégo. Le mouvement Trop c'est Trop est né à partir de ce collectif. Joseph Ki-Zerbo est l'inventeur du slogan suivant: "Naan Laara an saara" qui signifie "si on se couche on est mort".
En 2000 il reçoit le controversé Prix Kadhafi des droits de l'Homme de la Libye.
Les législatives du 5 mai 2002 sont un échec pour le PDP et Ki-Zerbo, puisque le parti perd sa place de premier parti d'opposition au profit de l'ADF-RDA d'Hermann Yaméogo. Le PDP totalise 10 sièges, contre 17 pour l'ADF-RDA et 57 sur 111 pour le CDP.
Le 6 février 2005, Ki-Zerbo cède la tête du parti à Ali Lankoandé.
Ki-Zerbo est mort le lundi 4 décembre 2006. Il a obtenu le rang de Commandeur de l'Ordre des Palmes académiques à titre posthume.


